我曾经在升级到Snow Leopard后遇到过类似的问题：启动Safari时出现旋转彩球，导致Safari无法使用。结果发现是一个不兼容的SIMBL插件，在操作系统升级之前就存在。
如果你已经更换了主板和硬盘，那么真的没有太多可以排除的“硬件”了。
如果你已经进行了干净安装，那么也没有其他可以排除的“软件”。确保你进行了完全的干净安装：格式化硬盘，安装基本操作系统而不包括iLife等内容，之后不要从备份中恢复任何东西，不要使用常规用户名，初始启动时不要输入Apple ID。尤其不要从备份中恢复任何数据，特别是/Library和/Users//Library目录下的数据。
我想我还会尝试安装不同版本的OSX（降级或升级都可以），看看问题是否仍然存在。另外，尝试启动不同的操作系统（Windows、Linux，从Linux的Live CD/USB启动可能是最简单的选择）。启动不同的操作系统是找出是硬件问题还是软件问题的最佳方法。
通常情况下，旋转的彩色小球是由于 CPU/内存/硬盘访问峰值引起的，但也可能是其他阻塞 I/O（例如网络、USB）的问题。也许这是您的家庭网络兼容性问题？尝试在不同的网络上使用它，尝试使用外部 USB 以太网适配器连接到网络。
希望这可以帮助你。
- goofrider